Tuyến #cao-toc-bac-nam đoạn qua #ha-tinh có tổng cộng 6 trạm thu phí được bố trí tại các nút giao quan trọng. Cụ thể, các trạm gồm: Trạm thu phí cầu Rào (km 345+500), Trạm thu phí cầu Hưng Hòa (km 352+200), Trạm thu phí cầu Đức Hợp (km 361+800), Trạm thu phí cầu Nam Hà (km 370+400), Trạm thu phí cầu Thạch Bình (km 379+000) và Trạm thu phí cầu Khe Giao (km 387+600).

Mức thu phí dao động từ 70.000 đồng đến 150.000 đồng tùy theo loại phương tiện. Các xe con (dưới 12 chỗ, tải trọng dưới 2 tấn) phải trả 70.000 đồng, trong khi xe tải nặng (trên 18 tấn) chịu phí 150.000 đồng. Hành trình từ #ha-noi đến #vinh qua Hà Tĩnh sẽ tốn tổng phí khoảng 630.000 đồng nếu đi qua cả 6 trạm.
Hệ thống thu phí tự động không dừng (ETC) được lắp đặt tại tất cả các trạm, giúp rút ngắn thời gian qua trạm. Tuy nhiên, người dân cần dán thẻ #etc trước khi sử dụng. Dự án cao tốc Bắc – Nam góp phần thúc đẩy kinh tế vùng, giảm tải cho #quoc-lo-1a và cải thiện an toàn giao thông.